La Chiesa di San Cristoforo viene edificata intorno al 1300 per onorare un voto dei lodigiani liberati dal drago Tarantasio, che, secondo la leggenda, infestava le acque del lago Gerundo. Officiata dagli Umiliati, nel 1552 è affidata agli Olivetani dell’abbazia di Villanova del Sillaro che avviano la ricostruzione della chiesa e del monastero.
I lavori hanno inizio nel 1563, su progetto di Pellegrino Tibaldi, e si protraggono per oltre un ventennio, fino al 1586. Nel 1798 il monastero è soppresso e adibito a caserma, mentre la chiesa diventa una scuderia. Nel 1954 la chiesa viene restaurata su progetto dell’architetto Alessandro Degani. Due anni dopo è riconsacrata e affidata ai frati Minori. Dal 1986, ridotta ad uso profano, viene ceduta in comodato d’uso al Comune di Lodi come spazio espositivo. Nel 2018 la Diocesi decide di recuperarla e destinarla a sede del Museo diocesano di Arte sacra.
In questa sezione sono esposte alcune opere provenienti dal monastero di San Cristoforo e dallo scriptorium di Villanova del Sillaro.